1. 观察颜色变化：在真菌发酵过程中，菌种通常会使基质颜色发生变化，如变黑、变黄等，这是菌种的染色作用。因此，通过观察基质的颜色变化可以初步判断是否出现染菌现象。
2. 观察菌株形态：染菌现象通常会伴随着菌株的生长，观察菌株的生长形态是否异常、畸形或是凝集在一起等，都可以提示染菌现象的存在。
3. 检测气味变化：发酵过程中，菌种通常会发出特殊的气味，如霉味、臭味等，这些气味可以作为染菌现象的重要指标。因此，通过嗅闻检测基质的气味变化，可以初步判断出是否染上菌种。
4. 观察微观结构：如果以上方法无法准确判断染菌现象的情况，可以进行微观结构观察。观察基质或发酵物的微观结构，可以看到菌丝、孢子、胞子等微生物现象，这些都提示染菌现象的存在。
5. 进行菌种分离：如果以上方法无法准确判断染菌现象的情况，可以进行菌种分离，将发酵物或基质取出并进行培养，分离出染菌现象的菌株。这是最终确定染菌现象存在的方法。
