1、转基因食品的安全性问题：超级杂草问题、不育基因问题、毒蛋白基因问题、产生药性问题、潜在毒性。
2、超级杂草问题。如果转基因高产作物通过花粉导入方式将高产基因传给周围杂草，会引发超级杂草出现，对天然森林造成基因污染和对这些地区的其他物种带来不可预见的后果。还可导致除草剂的滥用，引起土壤板结，土质变坏，加重环境污染等问题。随着基因改造的抗除草剂农作物的推广，可能导致除草剂的用量增加，从而导致除草剂在食品中残留量加大。
3、不育基因问题。如果转基因不育品种的不育基因在种植地大肆传播，会导致当地农业崩溃。美国DPL公司和美国农业部联合申请了一个“终止子技术”的专利，并于1998年3月获得美国专利局的批准。该专利技术可使作物种植后得到的种子是不育的，虽然收获了种子，但不能留作种子。“终止子技术”获得后引起国际很大的反响。许多国家认为，由于外观上分不清“终止子技术”生产的种子，通过出售或交换不能发芽的种子，一旦播种可能会对生产造成不可弥补的损失。通过花粉非人为传播会造成不育基因在种植地大量传播，会导致当地农业崩溃。为了维护世界食品的保障系统，许多国家和组织纷纷要求禁止终止子技术。
4、毒蛋白基因问题。导入毒蛋白基因的植物，如果毒蛋白能在花蜜中表达，则可能引起蜜蜂等传粉昆虫和植物群落的崩溃，甚至有可能危及其他动物以及人畜的栖居环境和身体健康。
5、产生药性问题。如果用于食品原料的植物通过基因改良成为药用植物，那么通过异花授粉会使食用植物产生药性，从而污染人类的食品。此外，转基因抗虫作物产生的杀虫物，如果把害虫（也包括某些益虫）都杀死了，必然破坏自然界固有的食物链，对生态系统产生不利影响，况且这些对昆虫有害的物质也可能对人类有害。
6、潜在毒性。转基因食品能产生毒素杀死目标生物从而增加产量，但这些产生的毒素在随着转基因食品进入人体后会发生怎样的影响还没有得到证实，现今的实验中虽没有发现转基因食品的毒素对人体健康有损害的例子，但长期的、累积的危害很有可能导致风险。
