1、低温保存。建議放入冰箱保鮮層。益生菌的活性會隨着温度升高而提升並進入發酵過程，長時間常温保存容易造成產品口味變化。當温度超過60℃時，益生菌會進入衰亡階段。因此，益生菌產品最好是在冷藏條件下取出後直接食用，避免高温加熱。
2、避光保存。避免在温度太高或者直射光下保存，這樣會引起裏面活菌過度發酵，口味變酸，效果受影響。
3、注意保質期保存。益生菌的活性隨着温度升高會進入發酵過程，長時間保存益生菌會容易造成口感的變化，一定要注意生產日期保質期，一般來説，益生菌食品，保質期在1個月內，冷藏温度應控制在2℃-10℃左右。如果是單獨的益生菌，那麼一定要在保質期內吃完。
