1、藿香正气水含有一定的酒精浓度，与头孢类抗生素、甲硝唑类还有呋喃唑酮等药物一同服用，会影响酒精的代谢，引起体内乙醛的堆积，出现双硫仑反应，表现为视物模糊，血管性头疼，恶心，出虚汗甚至惊厥，休克，心跳加快，呼吸衰竭等，因此应注意避免。
2、儿童，孕妇、哺乳期妇女、年老体弱的患者谨慎使用，这类人群对藿香正气水较为敏感，用药后容易出现副作用。
3、使用该药物期间不宜同时使用温补性中药。
4、患有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等严重慢性病患者应在医师指导下使用。
5、用药后出现严重吐血反应者应及时停药并就医。
6、藿香正气水中含有40%～50%乙醇，因此用药后不得驾驶机、车、船、从事高空作业、机械作业及操作精密仪器。
7、应严格按照说明用法用量服用，不宜长期大剂量服用。
8、若连续用药3天症状无缓解，则应及时停药并就医。
9、对该药物成分过敏者禁止使用，过敏体质者谨慎使用。
