1、001 云霄飞车杀人事件
耳朵还很大的新一……整个故事的开端，被黑暗组织灌药之前的原始新一~~（这集也出现了当时还是路人甲乙丙丁的高木涉~步美元太光彦等人~~~）
小兰和新一去游乐园约会。没想到就在新一的身边发生了一起杀人事件，这个事件也是整个故事的开端。
在云霄飞车的隧道里，吉田步美、圆谷光彦、小岛园太三个人为了省钱而在隧道里准备上车。不料，发生了杀人事件。
在新一的推理下杀人事件解开了。但是，再回来的路上，新一看见了黑衣人在进行刻意的交易。不料，还有一名黑衣男子从背后攻击，给新一吃了组织未完成的药物，APTX4869。
新一化名为“江户川柯南”就此，故事开始了……
2、049 外交官杀人事件（后篇）
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。
而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。
新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。此时的服部已经有些察觉了……
3、162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。
当时，新一问小兰有关XXX的问题时，小兰还脸红了呢。然后，新一顺利的解决了事件。那么这就是最初的一页……
4、190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南~啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死；
于是坦白计划泡汤~~剧情得以继续下去~~同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
5、191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
6、192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。
晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
7、193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
新一明白了在米花町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在瞭望餐厅一个人等着新一的回来。
结果破了案子，药效到了~~他差点哭出来……柯南走到兰跟前~“新一哥哥走了~”，兰开始哭~~“新一哥哥说~……”“我不听我不听……”~~“他说，希望你等他，就算死，他也会回来……”
8、219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。
(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。
小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。
