1、游戏一开始可以选择假名显示或汉字显示，今后在设定里可以进行切换。阿拉拉奇博士的介绍结束后选择主角性别并为主角起名。
2、剧情过后选择初始PM，之后贝尔和切莲。VS贝尔。她的初始PM的属性是被你选择的初始PM克制的那个。降防后猛攻即可，祈祷别被会心吧。战斗后切莲为你的PM回复HP。VS切莲。他的初始PM的属性是克制你选择的初始PM的那个。
3、战斗后来到一楼，妈妈会为你进行回复，之后得到手表。去镇中左下角贝尔的家。接着再去镇中左上方博士研究所，可以为主角PM取名并得到图鉴。
4、继续向前走，来到镇前，贝儿看了一下大家的图鉴数，然后接到博士的伪四人视频通话，说在神奇宝贝中心等大家。神奇宝贝中心教学只有我和贝儿两人参加，恢复完pm的体力又被博士拉着逛了一圈。期间贝儿吐槽“那个谁的电脑是谁的电脑？” 。
5、出了中心听说广场那边出什么事了，赶过去时已有一群人围在那里。一位装束奇异的人从一列队伍中走出，自称名为盖奇斯ゲーチス，是等离子团的成员，今天要向大家讲关于解放神奇宝贝的事情。“我们大多认为，人类与神奇宝贝是彼此相互需要的伙伴，但真的是这样吗？
6、这只是我们人类一厢情愿的想法罢了??训练家是在随心所欲地对神奇宝贝发号施令。神奇宝贝与人类是不同的，它们是隐藏了许多未知的可能性的生命，有很多值得我们去学习的地方。我们应将它们解放出来，这样人类与神奇宝贝之间，才能开始有平等可言。请大家仔细想想，到底应当怎样对待神奇宝贝。”
